En application de l’accord-cadre de coopération signé en 1999, une Commission mixte se réunit tous les deux ans pour établir un programme de travail commun. La Commission mixte permet aux gouvernements wallon, bruxellois et québécois de réexaminer périodiquement les orientations et les priorités de la coopération, les secteurs d'intérêt communs et la programmation des activités.
Les axes d'intervention sont : la coopération culturelle, la valorisation de la langue française, le développement de la Francophonie, la coopération dans le domaine de l’éducation, de la formation et de la promotion de l’emploi, la coopération scientifique et technologique, la coopération économique, l’accès réciproque aux marchés élargis, la coopération dans le domaine du tourisme, la coopération dans les domaines de la santé et des services sociaux et la coopération en matière d’environnement.
Suite à la signature du programme de coopération 2009-2011 issu de la Ve Commission mixte permanente Québec/Wallonie-Bruxelles, les axes prioritaires de la coopération sont :
- les industries culturelles (danse, cinéma et audiovisuel, arts de la scène, arts plastiques, livre), notamment en renforçant les partenariats entre les entreprises culturelles des deux communautés;
- la formation professionnelle, dans les domaines de l'intégration professionnelle, notamment celle des immigrants, de la qualification en milieu de travail, de l'intégration des femmes et de l'économie sociale;
- la coopération économique et scientifique, où prime la recherche en matière de nouveaux matériaux, télécommunications et aérospatiale.
